From 1d4efe3b3f5029c0067a08e2f4d533c90fb6e488 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: WardDeb Date: Fri, 9 Aug 2024 13:46:56 +0200 Subject: [PATCH] pytest jobcounts outdir lives under factory --- tests/test_jobcounts.py | 146 ++++++++++++++++++++-------------------- 1 file changed, 73 insertions(+), 73 deletions(-) diff --git a/tests/test_jobcounts.py b/tests/test_jobcounts.py index 0786187d3..196ec58e4 100644 --- a/tests/test_jobcounts.py +++ b/tests/test_jobcounts.py @@ -213,11 +213,11 @@ def ifs(tmp_path_factory): return fp class TestCreateindices: - def test_default(self): + def test_default(self, ifs): ci = [ 'createIndices', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, '--genome', @@ -230,11 +230,11 @@ def test_default(self): _p = sp.run(ci, capture_output=True, text=True) assert _p.returncode == 0 assert parseSpOut(_p) == 21 - def test_rmsk(self): + def test_rmsk(self, ifs): ci = [ 'createIndices', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, '--genome', @@ -249,11 +249,11 @@ def test_rmsk(self): _p = sp.run(ci, capture_output=True, text=True) assert _p.returncode == 0 assert parseSpOut(_p) == 22 - def test_DAG(self): + def test_DAG(self, ifs): ci = [ 'createIndices', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, '--genome', @@ -269,11 +269,11 @@ def test_DAG(self): _p = sp.run(ci, capture_output=True, text=True) assert _p.returncode == 0 assert parseSpOut(_p) == 22 - def test_spikein(self): + def test_spikein(self, ifs): ci = [ 'createIndices', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, '--genome', @@ -302,7 +302,7 @@ def test_default(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, ifs / 'org.yaml' @@ -317,7 +317,7 @@ def test_properPairs(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, ifs / 'org.yaml', @@ -337,7 +337,7 @@ def test_bcExtract(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, ifs / 'org.yaml', @@ -358,7 +358,7 @@ def test_UMIDedup(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, ifs / 'org.yaml', @@ -378,7 +378,7 @@ def test_UMIDedupbcExtract(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, ifs / 'org.yaml', @@ -399,7 +399,7 @@ def test_DAG(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, ifs / 'org.yaml', @@ -420,7 +420,7 @@ def test_bwa(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, ifs / 'org.yaml', @@ -439,7 +439,7 @@ def test_bwa2(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, ifs / 'org.yaml', @@ -458,7 +458,7 @@ def test_se(self, ifs): '-i', ifs / 'SE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, ifs / 'org.yaml', @@ -473,7 +473,7 @@ def test_seproperPairs(self, ifs): '-i', ifs / 'SE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, ifs / 'org.yaml', @@ -716,7 +716,7 @@ def test_frombam(self, ifs): ci = [ "ChIPseq", '-d', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--fromBAM', ifs / 'bam_input' / 'filtered_bam', '--sampleSheet', @@ -734,7 +734,7 @@ def test_frombam_noInput(self, ifs): ci = [ "ChIPseq", '-d', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--fromBAM', ifs / 'bam_input' / 'filtered_bam', '--sampleSheet', @@ -787,7 +787,7 @@ def test_spikeinfrombam(self, ifs): "ChIPseq", '--useSpikeInForNorm', '-d', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--fromBAM', ifs / 'bam_input' / 'filtered_bam', '--sampleSheet', @@ -808,7 +808,7 @@ def test_spikeinfrombamTSSnorm(self, ifs): '--getSizeFactorsFrom', 'TSS', '-d', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--fromBAM', ifs / 'bam_input' / 'filtered_bam', '--sampleSheet', @@ -829,7 +829,7 @@ def test_spikeinfrombaminputnorm(self, ifs): '--getSizeFactorsFrom', 'input', '-d', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--fromBAM', ifs / 'bam_input' / 'filtered_bam', '--sampleSheet', @@ -913,7 +913,7 @@ def test_multicomp_fromBam(self, ifs): ci = [ "ChIPseq", '-d', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--fromBAM', ifs / 'bam_input' / 'filtered_bam', '--sampleSheet', @@ -931,7 +931,7 @@ def test_multicomp_fromBam_Genrich(self, ifs): ci = [ "ChIPseq", '-d', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--fromBAM', ifs / 'bam_input' / 'filtered_bam', '--sampleSheet', @@ -1023,7 +1023,7 @@ def test_multicomp_spikein_fromBam(self, ifs): ci = [ "ChIPseq", '-d', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--fromBAM', ifs / 'bam_input' / 'filtered_bam', '--sampleSheet', @@ -1042,7 +1042,7 @@ def test_multicomp_spikein_fromBam_genrich(self, ifs): ci = [ "ChIPseq", '-d', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--fromBAM', ifs / 'bam_input' / 'filtered_bam', '--sampleSheet', @@ -1063,7 +1063,7 @@ def test_multicomp_spikein_fromBam_noInput(self, ifs): ci = [ "ChIPseq", '-d', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--fromBAM', ifs / 'bam_input' / 'filtered_bam', '--sampleSheet', @@ -1082,7 +1082,7 @@ def test_multicomp_spikein_fromBam_noInput_genrich(self, ifs): ci = [ "ChIPseq", '-d', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--fromBAM', ifs / 'bam_input' / 'filtered_bam', '--sampleSheet', @@ -1103,7 +1103,7 @@ def test_multicomp_fromBam_noInput_SEACR(self, ifs): ci = [ "ChIPseq", '-d', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--fromBAM', ifs / 'bam_input' / 'filtered_bam', '--sampleSheet', @@ -1127,7 +1127,7 @@ def test_default(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, ifs / 'org.yaml' @@ -1142,7 +1142,7 @@ def test_DE(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet.tsv', '--snakemakeOptions', @@ -1159,7 +1159,7 @@ def test_rMats(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet.tsv', '--rMats', @@ -1177,7 +1177,7 @@ def test_almode(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet.tsv', '--snakemakeOptions', @@ -1196,7 +1196,7 @@ def test_trim(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet.tsv', '--snakemakeOptions', @@ -1214,7 +1214,7 @@ def test_alfreemode(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet.tsv', '--snakemakeOptions', @@ -1233,7 +1233,7 @@ def test_bcExtract(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet.tsv', '--snakemakeOptions', @@ -1252,7 +1252,7 @@ def test_bcExtractUMIdedup(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet.tsv', '--snakemakeOptions', @@ -1272,7 +1272,7 @@ def test_multicomp(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet_mc.tsv', '--snakemakeOptions', @@ -1292,7 +1292,7 @@ def test_SE(self, ifs): '-i', ifs / 'SE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet.tsv', '--snakemakeOptions', @@ -1309,7 +1309,7 @@ def test_SEalmode(self, ifs): '-i', ifs / 'SE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet.tsv', '--snakemakeOptions', @@ -1328,7 +1328,7 @@ def test_SEtrim(self, ifs): '-i', ifs / 'SE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet.tsv', '--snakemakeOptions', @@ -1346,7 +1346,7 @@ def test_SEalfreemode(self, ifs): '-i', ifs / 'SE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet.tsv', '--snakemakeOptions', @@ -1365,7 +1365,7 @@ def test_SEfastqc(self, ifs): '-i', ifs / 'SE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet.tsv', '--snakemakeOptions', @@ -1384,7 +1384,7 @@ def test_SEfrombam(self, ifs): '-i', ifs / 'bam_input' / 'filtered_bam', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet.tsv', '--snakemakeOptions', @@ -1402,7 +1402,7 @@ def test_threeprime(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet.tsv', '--snakemakeOptions', @@ -1421,7 +1421,7 @@ def test_threeprimeqc(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet.tsv', '--snakemakeOptions', @@ -1440,7 +1440,7 @@ def test_allelic(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, ifs / 'org.yaml', @@ -1461,7 +1461,7 @@ def test_allelicfrombam(self, ifs): '-i', ifs / 'allelic_bam_input' / 'filtered_bam', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, ifs / 'org.yaml', @@ -1483,7 +1483,7 @@ def test_allelicDE(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, ifs / 'org.yaml', @@ -1506,7 +1506,7 @@ def test_allelicDE_SNPfile(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, ifs / 'org.yaml', @@ -1529,7 +1529,7 @@ def test_allelicDEsinglestrain(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, ifs / 'org.yaml', @@ -1552,7 +1552,7 @@ def test_allelicDEalfree(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, ifs / 'org.yaml', @@ -1575,7 +1575,7 @@ def test_allelic_count_fromBam_singlecomp(self, ifs): '-i', ifs / 'allelic_bam_input' / 'allelic_bams', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, '--fromBAM', @@ -1597,7 +1597,7 @@ def test_allelic_count_fromBam_multicomp(self, ifs): '-i', ifs / 'allelic_bam_input' / 'allelic_bams', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, '--fromBAM', @@ -1619,7 +1619,7 @@ def test_allelic_mapping_fromBam_multicomp(self, ifs): '-i', ifs / 'allelic_bam_input' / 'filtered_bam', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, '--fromBAM', @@ -1645,7 +1645,7 @@ def test_allelic_alfree_multicomp(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, ifs / 'org.yaml', @@ -1670,7 +1670,7 @@ def test_default(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, ifs / 'org.yaml' @@ -1685,7 +1685,7 @@ def test_DE(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet.tsv', '--snakemakeOptions', @@ -1702,7 +1702,7 @@ def test_SE(self, ifs): '-i', ifs / 'SE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet.tsv', '--snakemakeOptions', @@ -1720,7 +1720,7 @@ def test_frombam(self, ifs): ifs / 'bam_input' / 'filtered_bam', '--fromBAM', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet.tsv', '--snakemakeOptions', @@ -1737,7 +1737,7 @@ def test_multicomp(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet_mc.tsv', '--snakemakeOptions', @@ -1756,7 +1756,7 @@ def test_default(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--mode', 'STARsolo', '--snakemakeOptions', @@ -1773,7 +1773,7 @@ def test_skipvelo(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--mode', 'STARsolo', '--skipVelocyto', @@ -1791,7 +1791,7 @@ def test_alevin(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--mode', 'Alevin', '--snakemakeOptions', @@ -1808,7 +1808,7 @@ def test_alevinskipvelo(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--mode', 'Alevin', '--skipVelocyto', @@ -1828,7 +1828,7 @@ def test_default(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet.tsv', '--snakemakeOptions', @@ -1845,7 +1845,7 @@ def test_no_sampleSheet(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--snakemakeOptions', SMKOPTS, ifs / 'org.yaml' @@ -1860,7 +1860,7 @@ def test_bwameth2(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--aligner', 'bwameth2', '--sampleSheet', @@ -1879,7 +1879,7 @@ def test_trimgcbias(self, ifs): '-i', ifs / 'PE', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--trim', '--GCbias', '--sampleSheet', @@ -1898,7 +1898,7 @@ def test_frombam(self, ifs): '-i', ifs / 'bam_input' / 'filtered_bam', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet.tsv', '--fromBAM', @@ -1917,7 +1917,7 @@ def test_frombamfqc(self, ifs): '-i', ifs / 'bam_input' / 'filtered_bam', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet.tsv', '--fromBAM', @@ -1937,7 +1937,7 @@ def test_frombamskipqc(self, ifs): '-i', ifs / 'bam_input' / 'filtered_bam', '-o', - 'outdir', + ifs / 'outdir', '--sampleSheet', ifs / 'sampleSheet.tsv', '--fromBAM',