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#!/usr/bin/env python 

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### COPYRIGHT ##################################################################

# New York Genome Center

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# This software and its documentation are copyright (2014) by the New York
# Genome Center. All rights are reserved. This software is supplied without
# any warranty or guaranteed support whatsoever. The New York Genome Center
# cannot be responsible for its use, misuse, or functionality.

# Version: 0.2
# Author: Andre Corvelo

################################################################# /COPYRIGHT ###
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### MODULES ####################################################################

from optparse import OptionParser
import sys, uuid, os

################################################################### /MODULES ###
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### FUNCTIONS ##################################################################
	
################################################################# /FUNCTIONS ###
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### ARGUMENTS,OPTIONS ##########################################################

parser = OptionParser(usage="\n%prog [options]", version="%prog v0.2")

parser.add_option(
	"-i", 
	metavar = "FILE",
	type = "string",
	dest = "fasta_file",
	default = None,
	help = "Input fasta file (Mandatory)"
	)

parser.add_option(
	"-c",
	metavar = "FILE",
	type = "string",
	dest="corr_file",
	default = None,
	help = "Correspondence file gi -> tax file (Mandatory)"
	)

parser.add_option(
	"-t",
	metavar = "FILE",
	type = "string",
	dest = "tax_file",
	default = None,
	help = "Taxonomy table file (Mandatory)"
	)

parser.add_option(
	"-p",
	metavar = "STR",
	type = "string",
	dest = "prefix",
	default = None,
	help = "Prefix for output files (defaults to the input fasta basename)"
	)

parser.add_option(
	"-T",
	metavar = "INT",
	type = "string",
	dest = "threads",
	default = "1",
	help = "Number of threads (default = 1)"
	)

parser.add_option(
	"-Q",
	metavar = "DIR",
	type = "string",
	dest = "queue",
	default = None,
	help = "Cluster queue/partition (default = None)"
	)

parser.add_option(
	"-S",
	metavar = "DIR",
	type = "string",
	dest = "slots",
	default = "1",
	help = "Cluster slots (default = 1)"
	)

parser.add_option(
	"--dry",
	metavar = "FLAG",
	dest = "dry",
	action = 'store_true',
	default = False,
	help = "Dry run (default = False)"
	)

(opt, args) = parser.parse_args()
if not opt.fasta_file or not opt.corr_file or not opt.tax_file:
	parser.print_help()
	sys.exit(-1)

     
######################################################### /ARGUMENTS,OPTIONS ###
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################################################################################
### CONSTANTS ##################################################################

################################################################# /CONSTANTS ###
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### MAIN #######################################################################

if __name__ == '__main__':
	module_dir = os.path.abspath(os.path.dirname(__file__))
		
	fasta_f = opt.fasta_file
	gitax_f = opt.corr_file
	tax_f = opt.tax_file

	if opt.prefix:
		prefix = opt.prefix
	else:
		prefix = '.'.join(os.path.basename(fasta_f).split('.')[:-1])

	in_f = prefix + '.gitax.fa'
	out_f = prefix + '.discarded.fa'
	len_f = prefix + '.len'
	sh_f = prefix + '.sh'

	threads = opt.threads
	sge_queue = opt.queue
	sge_slots = opt.slots
	if sge_queue:
		sge_f = prefix + '.sge'

	dry_run = opt.dry	
	
	gitax_str = ' '.join(['txM_gitax', '-i', fasta_f, '-c', gitax_f,'-t', tax_f, '2>', out_f, '>', in_f])
	len_str = ' '.join(['txM_fastalen', '-i', in_f, '>', len_f])
	index_str = ' '.join(['gem-indexer', '-i', in_f, '-o', prefix, '-T', threads])

	sh_file = open(sh_f, 'w')
	sh_file.write('#!/bin/sh\n\n')
	sh_file.write('export PATH=$PATH:' + module_dir + '/bin\n\n')
	sh_file.write(gitax_str + '\n')
	sh_file.write(len_str + '\n')
	sh_file.write(index_str + '\n\n')
	sh_file.close()

	if sge_queue:
		sge_file = open(sge_f, 'w')
		sge_file.write('\t'.join(['txMi_' + prefix, sge_queue, '0', '-', sge_slots, '.', 'sh ' + sh_f]) + '\n')
		sge_file.close()
		if not dry_run:
			os.system(' '.join([module_dir + '/bin/txM_sge', '-s', sge_f]))
	else:
		if not dry_run:
			os.system(' '.join(['sh', sh_f]))

###################################################################### /MAIN ###
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