chenkx找到的启动augur方法

提一句 原repo推出了v0.40版本，但是默认的main分支还是老版本。 新版本应该在augur-new相关的分支上。

设置环境变量

export AUGUR_DB_PORT=5434
export AUGUR_GITHUB_USERNAME=<your github username>
export AUGUR_GITHUB_API_KEY=<your github token>
export AUGUR_GITLAB_USERNAME=<your github username>
export AUGUR_GITLAB_API_KEY=<your github token>

使用docker的postgres数据库

docker compose up

使用本地的postgres数据库

搭建、配置本地postgres数据库

设置postgresql.conf

listen_addresses = '*' 

使用docker连接数据库，还需要在pg_hba.conf后面添加

# TYPE  DATABASE        USER            ADDRESS                 METHOD
host      all             all             0.0.0.0/0               md5

创建augur数据库以及augur账户，并配置权限

CREATE DATABASE augur;
CREATE USER augur WITH ENCRYPTED PASSWORD 'augur';
-- GRANT ALL PRIVILEGES ON DATABASE augur TO augur;
ALTER DATABASE augur OWNER TO augur;

还要多设置一个环境变量

wsl中的ip地址可以通过ip addr | grep eth0输出中inet后面的地址得到。

# if in wsl:
export AUGUR_DB=postgresql+psycopg2://augur:augur@172.24.64.222:5432/augur
# if in windows:
export AUGUR_DB=postgresql+psycopg2://augur:augur@localhost:5432/augur

启动augur

# 使用wsl或者windows中的postgres
docker compose -f docker-compose-externalDB.yml  up -d