HiC outdirs in tests to factory too

maxplanck-ie · Aug 9, 2024 · e1c79ba · e1c79ba
1 parent ee808ea
commit e1c79ba
Showing 1 changed file with 8 additions and 8 deletions.
diff --git a/tests/test_jobcounts.py b/tests/test_jobcounts.py
@@ -2144,7 +2144,7 @@ def test_default(self, ifs):
             '-i',
             ifs / 'PE',
             '-o',
-            'output',
+            ifs / 'output',
             '--snakemakeOptions',
             SMKOPTS,
             ifs / 'org.yaml'
@@ -2160,7 +2160,7 @@ def test_ice(self, ifs):
             '-i',
             ifs / 'PE',
             '-o',
-            'output',
+            ifs / 'output',
             '--snakemakeOptions',
             SMKOPTS,
             '--correctionMethod',
@@ -2178,7 +2178,7 @@ def test_trim(self, ifs):
             '-i',
             ifs / 'PE',
             '-o',
-            'output',
+            ifs / 'output',
             '--snakemakeOptions',
             SMKOPTS,
             '--trim',
@@ -2195,7 +2195,7 @@ def test_dpnii(self, ifs):
             '-i',
             ifs / 'PE',
             '-o',
-            'output',
+            ifs / 'output',
             '--snakemakeOptions',
             SMKOPTS,
             '--enzyme',
@@ -2213,7 +2213,7 @@ def test_notad(self, ifs):
             '-i',
             ifs / 'PE',
             '-o',
-            'output',
+            ifs / 'output',
             '--snakemakeOptions',
             SMKOPTS,
             '--noTAD',
@@ -2230,7 +2230,7 @@ def test_bwamem2(self, ifs):
             '-i',
             ifs / 'PE',
             '-o',
-            'output',
+            ifs / 'output',
             '--snakemakeOptions',
             SMKOPTS,
             '--aligner',
@@ -2250,7 +2250,7 @@ def test_default(self, ifs):
             '-i',
             ifs / 'PE',
             '-o',
-            'output',
+            ifs / 'output',
             '--snakemakeOptions',
             SMKOPTS,
             '--fastqc',
@@ -2268,7 +2268,7 @@ def test_DAG(self, ifs):
             '-i',
             ifs / 'PE',
             '-o',
-            'output',
+            ifs / 'output',
             '--snakemakeOptions',
             SMKOPTS,
             '--fastqc',