Knime_2020_C

KNIME - praca samodzielna | grupa 2020-C

1. Skonstruować schemat wg poleceń:

• przeczytać dane aktywności związków na kinazę JAK1 z pliku dostępnego tutaj.
• usunąć kolumnę ACTIVITY_ID
• zmienić nazwy kolumn (:bulb: tip: column rename)
  • CMPD_CHEMBLID -> ID
  • CANONICAL_SMILES -> smiles
• przekształcić kolumnę smiles na widoczne struktury (:bulb: tip: molecule type cast)
• znormalizować struktury chemiczne (:bulb: tip: RDKit normalizer)
• policzyć parametry: LabuteASA, TPSA, SlogP

2. Dla tych danych:

• przygotować wykres punktowy 2D (np z wykorzystaniem 2D/3D scatter plot):
  • na osiach TPSA / LabuteASA
  • punkty pokolorowane wg inhibicji JAK1
  • rozmiar punktów: proporcjonalny do SlogP
  • wykres zapisać jako png
• wybrać 10 reprezentatywnych związków (Diversity picker) i tabelę zapisać jako plik excela.
• sprawdzić korelację liniową między wartościami LabuteASA, TPSA, SlogP (:bulb: tip: linear correlation) i zapisać macierz jako png (:bulb: tip: view: correlation matrix)
• przygotować histogram dla wartości inhibicji JAK1 i zapisać jako png

3. Workflow

1. Podpisać trzy pierwsze węzły (F2...)
2. Dodać adnotację do schematu (new workflow annotation) ze swoim imieniem i nazwiskiem
3. zapisać obrazek workflow'u jako svg (file -> export to SVG)

Zaliczenie

Aaaaaaby zaliczyć sprawdzian, proszę wysłać mi pliki, z imieniem i nazwiskiem jako nazwą pliku:

1. wykres punktowy 2D w pliku png
2. plik excela z tabelą z 10 reprezentatywnymi związkami
3. Plik png z macierzą korelacji
4. Plik png z histogramem
5. obrazek workflow'u jako plik svg

⚠️ UWAGA! Po wysłaniu plików mailem proszę skasować tymczasowe pliki z komputera (png, xls, svg).