Skip to content

projekt2_KNIME_2021B

filips edited this page Dec 8, 2021 · 1 revision

PROJEKT

Celem projektu jest analiza danych dotyczących aktywności małocząsteczkowych inhibitorów białek. Dla wskazanego na liście celu molekularnego należy pobrać dane z bazy danych ChemBlDb (najlepiej IC50) i za pomocą platformy KNIME dokonać odpowiednich analiz. Analizy te mają pomóc odpowiedzieć na postawione niżej pytania:

Pytania

  1. Jaka jest statystyka aktywności (IC50 lub alternatywna miara, np Kd, Ki itp) dla tych związków? Jaka jest wartość średnia, minimalna, maksymalna? (:bulb: proszę wkleić screen odpowiedniej tabeli)
  2. Czy aktywność tych związków jest skorelowana z innymi deskryptorami (proszę policzyć wszystkie dostępne - descriptor calculation)? (:bulb: wykres 3D? inny wykres? inny rysunek? - proszę wkleić i opisać obserwację jednym krótkim zdaniem)
  3. Ile cząsteczek zawiera fragment tiofenu? (:bulb: proszę wkleić screen początku tabeli wynikowej)
  4. Jaka jest struktura 10 najaktywniejszych związków? (:bulb: tabela - screenshot)

💡 UWAGI:

  • odpowiedzi proszę umieścić w pobranym dokumencie
  • proszę pamiętać o normalizacji struktur chemicznych
  • do przygotowanego workflow proszę dodać adnotację (new workflow annotation) ze swoim imieniem, nazwiskiem, nr indeksu.
  • W tabeli pobranej z bazy ChemblDb aktywność związku (czyli najczęściej IC50) znajduje się w kolumnie STANDARD_VALUE
  • Dla wartości IC50 - im niższa wartość, tym związek jest bardziej aktywny. Proszę pamiętać przy sortowaniu wyników, wyłanianiu związków najbardziej aktywnych itp. Patrz wpis na wiki.

Odpowiedzi

Odpowiedzi należy przysłać na adres:

emajl

Należy załączyć:

  • dokument z odpowiedziami w formie dokumentu LibreOffice (lub PDF)
  • wyeksportowany obrazek workflow'u jako svg (file -> export to SVG)

⚠️ po wysłaniu odpowiedzi, proszę skasować pliki tymczasowe z komputera (dokument tekstowy i svg).

Clone this wiki locally