pymol zaliczenie

Przygotować strukturę o kodzie wskazanym w arkuszu obecności:

• pobrać do pymola
• zostawić tylko jeden łańcuch
• ustawić białe tło
• usunąć wodę
• wyekstrahować ligand (jeśli mamy więcej niż jeden ligand to wybrać ten największy)
• ustawić reprezentację ligandu: sticks
• reprezentacja białka: cartoon (kolor: rainbow) oraz półprzezroczysta powłoka (kolor: szary)
• znaleźć wiązania wodorowe między ligandem a białkiem; zmienić ich kolor na widoczny (np niebieski)
• podpisać aminokwasy w białku, które tworzą wiązania wodorowe
• zmierzyć długość ligandu
• ustalić 3 "ładne" pozy (takie, w których dobrze widać kieszeń wiązania oraz ligand), dla nich zrobić raytracing a rysunki zapisać jako png.

W celu zaliczenia:

• wysłać trzy wygenerowane obrazki pod mój adres wraz z kodem białka dla którego zostały wykonane.