planzajec

Prerekwizyty:

• Znajomość MS Excela lub innego arkusza kalkulacyjnego
• Znajomość systemu Windows oraz Linux
• Obsługa w/w systemów z linii poleceń

Plan zajęć:

1. Chemoinformatyka

   1. Rysowanie struktur chemicznych (np. Chem Sketch, Marvin)

   2. Konwersja struktur chemicznych

      1. Różne formaty plików
      2. Różne sposoby zapisu struktur chemicznych

   3. Optymalizacja geometrii

   4. Podobieństwo cząsteczek chemicznych:

      1. fingerprinty
      2. farmakofory
      3. inne

2. Bioinformatyka

   1. Struktura białek

      1. Baza PDB
      2. Wizualizacja w PyMOLu, obróbka struktury
      3. Modelowanie homologiczne

   2. Dokowanie (AutoDock Vina):

      1. Przygotowanie białka do dokowania
      2. Dokowanie
      3. Ocena wyników

3. Ewentualnie: Ocena parametrów ADMET

   1. Osiris
   2. ToxTree

4. Bazy danych

   1. ZINC
   2. ChemBlDb
   3. PDB
   4. UNIPROT
   5. …

5. Data Mining - program KNIME

   1. Czytanie danych
   2. Wykresy
   3. Multi Parameter Optimization
   4. Struktury chemiczne
   5. Modele (np. sieci neuronowe)
   6. Raporty